北京市自然科学基金设立研究项目基金、对外合作交流基金、专著出版基金、会长基金，形成了具有特色的资助体系。基金资助方向为应用基础研究、高新技术的技术基础研究和部分基础研究，重点资助促进首都经济社会发展的应用基础研究。基金资助对象为北京地区科研院所、高等院校、有条件的企事业单位中从事自然科学基础研究的科研人员。
