自然科学基金委深入落实党的二十届三中全会和全国科技大会精神，聚焦提升国家自然科学基金资助效能，在2025年推出以下改革举措。
创新研究群体项目、基础科学中心项目是推动基础研究领军人才成长为具备战略科学家潜质高水平人才的重要抓手。在前期基础科学中心项目为年轻团队单设赛道等改革举措基础上，将基础科学中心项目更名为卓越研究群体项目，在创新研究群体项目中为40岁以下年轻团队单设赛道，给予其更多挑大梁、担重任的机会，鼓励其瞄准世界科学前沿和国家重大需求背后的科学问题开展交叉研究，尽早培养一批在国际科学前沿占有一席之地的优秀团队，为造就更多具备战略科学家潜质高水平人才提供坚实基础。
稳妥、有序实施国家重大科研仪器研制项目和重大项目改革工作。在国家重大科研仪器研制项目改革方面，探索设立重大科研仪器开放研究基金项目，面向全国科研人员资助利用国家重大科研仪器研制项目(部门推荐)所研制的仪器，开展高水平、原创性研究工作，加强仪器开放共享，推进产出高水平成果。在重大项目改革方面，合理调整管理工作进程，延长指南发布和申请截止之间的时间窗口，给与申请人更多时间组建申请团队、完善研究方案，从而提高项目申请的质量和竞争性。
继续试点企业创新发展联合基金项目和“叶企孙”科学基金项目申请时不计人申请和承担项目总数范围，正式接收申请后计人;对于企业创新发展联合基金和“叶企孙”科学基金，科研人员申请(包括申请人和主要参与者)和正在承担(包括负责人和主要参与者)同一名称联合基金的项目数量合计限1项。针对加入区域创新发展联合基金的内蒙古自治区、江西省、广西壮族自治区、海南省、贵州省、云南省、甘肃省、宁夏回族自治区、新疆维吾尔自治区等9个地区提出的研究方向，鼓励本地区所在依托单位申请人积极申请;本地区以外的依托单位申请人申请，应与该地区具有一定研究实力和研究条件的高等院校、研究机构或企业进行合作申请。
根据设立面向全球的科学研究基金的战略部署，更大力度推进科学基金开放合作。进一步开拓渠道，挖掘双多边合作潜力，稳步开展全球科技创新合作联合资助;持续深化与境外合作伙伴政策对话，积极参与全球科技治理;加强对重点国际(地区)合作研究项目和外国学者研究基金项目的资助;深入实施“四大一组织”国际科学合作研究计划项目;继续试点开展对外籍优秀博士生的资助工作;加强海峡两岸及对港澳地区合作伙伴的合作交流，推进港澳更好融入国家发展大局。
持续完善依托单位准人和退出机制，强化依托单位动态管理。加强依托单位注册指标的科学化和规范化，严把科学基金“入口”;进一步加强依托单位项目管理过程监督，加强和规范依托单位项目资金管理，持续推进包干制项目管理规定备案工作，加大依托单位学术不端行为的惩戒力度，加快依托单位信誉评价机制建设，切实提升依托单位项目管理能力和水平。
六、严明评审纪律，深入推进评审专家被“打招呼”顽疾专项整治工作
遵循“正面引导、严明纪法、极限防守、严肃惩戒”的工作原则，强化宣传引导、严明评审纪律，坚决整治评审专家被“打招呼”顽疾。系统总结工作经验做法，深入理风险隐患、严堵风险漏洞，持续完善评审机制、优化评审流程，进一步健全防范整治评审专家被“打招呼”的工作机制和制度体系，切实强化监督、抓好落实，营造风清气正的科研生态环境。
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