陈嘉庚科学奖基金会是2003年在民政部注册成立的慈善组织，由中国科学院和中国银行共同出资，业务主管单位是中国科学院。基金会依托中国科学院学部平台运行，办公室设在中国科学院学部工作局。
基金会成立之初，设立陈嘉庚科学奖，奖励近期在中国做出的重大原创性科学技术成果。陈嘉庚科学奖共设6个奖项，每两年评选一次，每个奖项奖金100万元人民币，同时颁发金质奖章和证书。
2010年，基金会增设陈嘉庚青年科学奖，奖励在中国独立做出重要原创性科学技术成果的青年科技人才。陈嘉庚青年科学奖共设6个奖项，每两年评选一次，每个奖项奖金20万元人民币。